Optimalisasi Kondisi PCR Untuk Amplifikasi Sekuen Gen HBB

Magfirahtul Jannah

doi:10.33627/oz.v12i1.1057

Magfirahtul Jannah Universitas Negeri Gorontalo

DOI: https://doi.org/10.33627/oz.v12i1.1057

Keywords: Amplifikasi, Gen HBB, Hemoglobin, Optimalisasi, PCR

Abstract

Gen HBB merupakan salah satu gen yang berperan dalam sintesis hemoglobin, khususnya protein β-globin. Berbagai metode analisis molekuler untuk mendeteksi kelainan atau varian pada gen penyandi hemoglobin membutuhkan produk amplifikasi DNA yang berkualitas. Penelitian ini bertujuan menentukan kondisi PCR paling optimal untuk mengamplifikasi sekuen gen HBB dari sampel darah. Kami melakukan uji kualitatif dan kuantitatif pada DNA sampel yang telah diisolasi, lalu mengamplifikasi sekuen gen HBB menggunakan 2 pasang primer dengan 6 variasi komposisi master mix dan suhu annealing. Hasil penelitian menunjukkan bahwa DNA sampel berhasil diisolasi dengan rasio kemurnian 1,925 dan konsentrasi 48,9 µg/ml. Produk amplifikasi menggunakan primer HBE01 sangat tipis dan tidak spesifik, sedangkan primer HBE02 berhasil mengamplifikasi sekuen gen HBB dengan spesifik dan tampak cukup tebal. Amplifikasi sekuen gen HBB lebih baik menggunakan primer HBE02 dengan komposisi master mix dan suhu annealing sesuai Mix 6.

Downloads

Download data is not yet available.

References

Adriany, D. T., Bakri, A. A., & Bungalim, M. I. (2020). Perbandingan Metode Isolasi DNA Terhadap Nilai Kemurnian DNA untuk Pengujian White Spot Syndrom Virus (WSSV) pada Lobster Bambu (Panulirus versicolor). Prosiding Simposium Nasional VII Kelautan Dan Perikanan 2020, 239–246. https://www.researchgate.net/publication/343151485.

Amanda, K., Sari, R., & Apridamayanti, P. (2019). Optimasi Suhu Annealing Proses PCR Amplifikasi Gen shv Bakteri Escherichia coli Pasien Ulkus Diabetik. Jurnal Farmasi Kalbar, 4(1), 39969. https://jurnal.untan.ac.id/index.php/jmfarmasi/article/download/39969/75676585518

Deniariasih, N. W., Ratnayani, K., & Yowani, S. C. (2013). Optimasi PCR (Polymerase Chain Reaction) Fragmen 724 pb Gen katG Multi Drug Resistance Tuberculosis untuk Meningkatkan Produk Amplifikasi. Jurnal Farmasi Udayana, 2(3), 110–115. https://ojs.unud.ac.id/index.php/jfu/article/view/7386/5640

Jannah, M. (2014). Profil Hematologis dan Deteksi Molekular Pembawa Sifat Hemoglobin E di Yogyakarta [ETD, Universitas Gadjah Mada]. https://repository.ugm.ac.id/134302/

Kurniawan, A., Anjani, T. P., Lestari, E., Merin, Ichsan, M., Apriyani, R., Safitri, A. M., Almagribi, I. P., Syarif, A. F., & Kurniawan, A. (2022). Optimasi Suhu Annealing untuk Amplifikasi Gen COI Ikan Ekstrimofil Menggunakan Real-Time PCR. Journal of Aquatropica Asia, 7(2), 57–62. https://doi.org/10.33019/joaa.v7i2.3401

Lucena-Aguilar, G., Sánchez-López, A. M., Barberán-Aceituno, C., Carrillo-Ávila, J. A., López-Guerrero, J. A., & Aguilar-Quesada, R. (2016). DNA Source Selection for Downstream Applications Based on DNA Quality Indicators Analysis. Biopreservation and Biobanking, 14(4), 264–270. https://doi.org/10.1089/bio.2015.0064

Luo, H., Huang, T., Lu, Q., Zhang, L., Xu, Y., Yang, Y., Guo, Z., Yuan, H., Shen, Y., Huang, S., Yang, B., Zou, Y., & Liu, Y. (2022). Molecular prevalence of HBB-associated hemoglobinopathy among reproductive-age adults and the prenatal diagnosis in Jiangxi Province, southern central China. Frontiers in Genetics, 13, 992073. https://doi.org/10.3389/fgene.2022.992073

Modell, B., & Darlison, M. (2008). Global epidemiology of haemoglobin disorders and derived service indicators. Bulletin of the World Health Organization, 2008(6), 480–487. https://doi.org/10.2471/BLT.06.036673

Moiz, B., Hashmi, M. R., Nasir, A., Rashid, A., & Moatter, T. (2012). Hemoglobin E syndromes in Pakistani population. BMC Blood Disorders, 12, 3–9. https://doi.org/10.1186/1471-2326-12-3

Mollah, A., Ashan, Muh. A., & Khatimah, A. H. (2022). Uji Kualitas dan Kuantitas DNA Porang (Amorphophallus Muelleri Blume) pada Beberapa Kawasan di Sulawesi Selatan. Jurnal Agritechno, 15(01), 1–7. https://doi.org/10.20956/at.v15i1.688

Munkongdee, T., Chen, P., Winichagoon, P., Fucharoen, S., & Paiboonsukwong, K. (2020). Update in Laboratory Diagnosis of Thalassemia. Frontiers in Molecular Biosciences, 7, 74. https://doi.org/10.3389/fmolb.2020.00074

Nafisa, A. R., Sebastian, A., Wijayanti, P., Patigu, R. F., & Purwestri, Y. A. (2022). Optimasi Primer yang Menargetkan Gen OsAP2, OsERF3 dan OsEREBP2 Menggunakan qPCR. Bioeksperimen, 8(1), 8–19. https://doi.org/https://doi.org/10.23917/bioeksperimen.v8i1.15800

Nawaz, F., Yousafzai, A., Luqman, M., Ahmed, N., Arbab, M., Tabassum, J., Ahmad, J., & Daud, S. (2021). Mutational Studies of Gene HBB in β-Thalassemia Patients from Balochistan, Pakistan. Current Trends in OMICS, 1(2), 80–94. https://doi.org/https://doi.org/10.32350/cto.12.05

Obradovic, J., Jurisic, V., Tosic, N., Mrdjanovic, J., Perin, B., Pavlovic, S., & Djordjevic, N. (2013). Optimization of PCR Conditions for Amplification of GC-rich EGFR Promoter Sequence. Journal of Clinical Laboratory Analysis, 27(6), 487–493. https://doi.org/10.1002/jcla.21632

Pertiwi, N. P. D., Mahardika, I. G. N. K., & Watiniasih, N. L. (2015). Optimasi Amplifikasi DNA Menggunakan Metode PCR (Polymerase Chain Reaction) pada Ikan Karang Anggota Famili Pseudochromidae (Dottyback) untuk Identifikasi Spesies Secara Molekular. Jurnal Biologi, 19(2), 1–5. https://doi.org/http://dx.doi.org/10.13140/RG.2.2.27883.34083

Rahman, M. T., Uddin, M. S., Sultana, R., Moue, A., & Setu, M. (2013). Polymerase Chain Reaction (PCR): A Short Review. AKMMC J, 4(1), 30–36. https://doi.org/https://doi.org/10.3329/akmmcj.v4i1.13682

Sasmito, D. E. K., Kurniawan, R., & Muhimmah, I. (2014). Karakteristik Primer pada Polymerase Chain Reaction (PCR) untuk Sekuensing DNA: Mini Review. Prosiding Seminar Nasional Informatika Medis (SNIMed) V, 93–102. https://journal.uii.ac.id/snimed/article/view/6329

Siswanto, J. E., Berlian, T., Putricahya, E., Panggalo, L. v, & Yuniani, L. (2016). Isolasi DNA pada Sampel Darah Tepi dan Swab Buccal pada Bayi Penderita ROP: Perbandingan Hasil Uji Konsentrasi dan Indeks Kemurnian. Sari Pediatri, 18(4), 270–277. https://doi.org/http://dx.doi.org/10.14238/sp18.4.2016.270-7

Solanki, G. (2012). Polymerase Chain Reaction. International Journal of Pharmacological Research (IJPR), 2(3), 98–102. www.ssjournals.com

Tangvarasittichai, S. (2011). Thalassemia Syndrome. In K. Ikehara (Ed.), Advances in the Study of Genetic Disorders (pp. 101–148). InTech. http://www.intechopen.com/books/advances-in-the-study-of-genetic-disorders/thalassemia-syndrome

Turrahmi, M., Nurhidayani, N., Hasyimuddin, H., & Pabendon, M. B. (2021). Uji kualitas dan kuantitas tanaman jewawut (Setaria italic) di Balai Penelitian Tanaman Serealia Kabupaten Maros. Filogeni: Jurnal Mahasiswa Biologi, 1(2), 57–62. https://doi.org/10.24252/filogeni.v1i2.23803

Uslan, U., & Pharmawati, M. (2015). Optimasi Konsentrasi DNA dan MgCl2 pada Reaksi Polymerase Chain Reaction-Random Amplified Polymorphic DNA untuk Analisis Keragaman Genetik Tanaman Faloak (Sterculia quadrifida R.Br). JURNAL BIOS LOGOS, 5(1), 26–34. https://doi.org/10.35799/jbl.5.1.2015.9316

Utaminingsih, S., Utami, S. D., & Sophian, A. (2022). Isolasi DNA pada Produk Otak-Otak Ikan Bandeng. Muhammadiyah Journal of Nutrition and Food Science (MJNF), 3(1), 36–41. https://doi.org/10.24853/mjnf.3.1.36-41

Weatherall, D. J., & Clegg, J. B. (2001). Inherited haemoglobin disorders: an increasing global health problem. Bulletin of the World Health Organization, 79(8), 704–712. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2566499/pdf/11545326.pdf

Wulandari, R. D. (2016). Kelainan pada Sintesis Hemoglobin: Thalassemia dan Epidemiologi Thalassemia. Jurnal Ilmiah Kedokteran Wijaya Kusuma, 5(2), 33–43. https://journal.uwks.ac.id/index.php/jikw/article/view/340/310

Yuenleni, Y. (2019). Langkah-Langkah Optimasi PCR. Indonesian Journal of Laboratory, 1(3), 51–56. https://doi.org/http://dx.doi.org/10.22146/ijl.v1i3.48723.